Минфин РФ разъяснило порядок оплаты получателями бюджетных средств и бюджетными учреждениями обязательств по контрактам при неисполнении или ненадлежащем исполнении контрактов (письмо от 26 декабря 2011 года N 02-11-00/5959 ).

Теперь положением государственного контракта может быть предусмотрено, что исполнение обязательства по госконтракту по перечислению неустойки (штрафа или пеней) в доход бюджетной системы РФ возлагается на государственного заказчика (ст 313 Гражданского кодекса РФ).Начисление по исполнению денежного обязательства по государственному контракту в этом случае производится на основании акта о приемке товаров, работ или услуг, который содержит сведения об исполнении обязательства исполнителем контракта, о принятых результатах исполнения контракта, включая сумму неустойки.
Оплата государственного контракта может быть осуществлена путем выплаты исполнителю государственного (муниципального) контракта суммы, уменьшенной на сумму неустойки, при условии перечисления суммы неустойки заказчиком в доход соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации.

ФАС России